Das märkische Haus des Waldes wurde im Juni 1978 begründet. Es gehört damit zu den ältesten und traditionsreichsten forstlichen Naturschutzzentren Deutschlands.
Die Geschichte dieser Einrichtung beginnt mit der Anlage eines Stützpunktes für Erholungswaldgestaltung und forstliche Naturschutzarbeit des Staatlichen Forstwirtschaftsbetriebes Königs Wusterhausen. Die Errichtung erfolgte in einer aufgegebenen Produktionsstätte für Jägerzäune am Forsthaus Frauensee inmitten des ehemaligen kaiserlichen Hofjagdreviers Dubrow.

1979 übernimmt die neue Institution als „Naturlehrkabinett Frauensee“ auch Aufgaben der forstlichen Öffentlichkeitsarbeit und Waldinterpretation.

1981 erfolgt die Zuerkennung des Status "Naturschutzstation" der Bezirksnatur- schutzverwaltung Potsdam. In der Folgezeit profiliert sich die Einrichtung natur-schutzfachlich auf den Schutz bedrohter waldbewohnender Insektenarten wie Rote Waldameisen, Hirschkäfer und Hornissen. Sie wird jedoch vor allem durch Initiativen zur Öffentlichkeitsarbeit für Forstwirtschaft und Naturschutz bekannt.

Von 1982 bis 1986 erscheint auf der Grundlage eines kleinen Waldarchivs die erste Schriftenreihe mit dem Titel "Umweltschutzinformation". Sie gibt dem Leser aktuelle, zumeist waldbezogene Tipps für seinen ganz persönlichen Beitrag zum Umweltschutz.

Ab 1985 verschlechtern sich verschiedene Rahmenbedingungen, da die Einrichtung in das Visier der DDR-Sicherheitsorgane gerät; die Reihe "Umweltschutzinformation" muss eingestellt werden. Die Arbeit gerät ins Stocken. Erst durch die politische Wende des Jahres 1989 erhält die Naturschutzstation neue Impulse.

Seit 1990 wird die Arbeit der Naturschutzstation durch einen Förderverein, den Regionalverband Dubrow der Schutzgemeinschaft Deutscher Wald (SDW) und bis 1993 auch vom Kreisverband Königs Wusterhausen des Naturschutzbundes (NABU) unterstützt. Im Oktober wird nach dem Muster der Züricher Sihlwaldschule die Waldschule Frauensee eröffnet. Sie ist die erste derartige Einrichtung in den neuen Bundesländern. Seitdem bringt der mögliche Austausch mit Partnern in den westlichen Bundesländern, der Schweiz und Österreich viele Anregungen.

1991 erhält die dem Amt für Forstwirtschaft Königs Wusterhausen zugeordnete Naturschutzstation nach Stuttgarter Vorbild die Bezeichnung Haus des Waldes. Sie widmet sich nun mehr und mehr der Entwicklung und Koordinierung der brandenburgischen Waldpädagogik. Die Einrichtung wird Einsatzstelle für Zivildienstleistende.

Seit 1992 erscheinen in Kooperation mit den Verbänden erneut zwei Schriftenreihen: Der monatliche "Waldbote" mit Informationen zum Walderleben, und die Reihe "Lebensraum Wald", die als Handreichung zur Naturschutzarbeit im Wald für Forstleute und andere Waldfreunde konzipiert wird. Im gleichen Jahr beginnt das Haus des Waldes auch mit den Waldpädagogik-Schulungen im Rahmen der Anpassungs-Fortbildung der brandenburgischen Forstbediensteten.

Seit 1993 ist die Einrichtung Einsatzstelle für das Freiwillige Ökologische Jahr (FÖJ). In Kooperation mit der SDW wird der monatlich erscheinende Informationsdienst WALD herausgegeben. Die Arbeit an einem Konzept "Forstliche Naturschutzarbeit" beginnt.

1994 starten die Verbände drei wichtige, die Arbeit des Hauses unterstützende Projekte: Der Förderverein entwickelt eine Initiative zur Entwicklung von Naturlehrmitteln und wird Träger von damals 15 waldpädagogisch orientierten Stellen des FÖJ im Land Brandenburg. Die SDW baut in Anlehnung an den Stuttgarter "Wald-I" eine rollende Waldschule, das erste brandenburgische Waldmobil, auf.

Die jahrelangen Bemühungen um waldbezogene Bildungs- und Erziehungsarbeit mündeten im Mai 1995 in der Anerkennung der Einrichtung als "Waldpädagogki-Zentrum" der Landesforstverwaltung Brandenburg; von nun an steuert das Haus des Waldes in diesem Bundesland die Entwicklung der forstlichen Dienstaufgabe Waldpädagogik. 

Im Dezember 1995 wird das Haus auch mit der Koordinierung der brandenburgischen "Artenerfassung im Wald" und der Steuerung weiterer brandenburgischer Maßnahmen forstlicher Naturschutzarbeit beauftragt.

Im Februar 1996 beginnen die waldpädagogischen Seminare für Förster, Lehrer und Erzieher. Im selben Jahr wird eine Waldpädagogik-Beauftragte des Bildungswesens als Mittlerin zwischen Förstern und Lehrern an das Haus abgeordnet.

Von Juni 1997 an bearbeitet der in "Märkischer Wald" e.V. umbenannte Förderverein neue Projekte zum "Waldtourismus" und zur waldpädagogischen Lehrmittelentwicklung unter besonderer Berücksichtigung von Lehrpfaden, Waldlehrgärten und Schulwäldern. Anlässlich eines mehrtägigen, dem Haus des Waldes gewidmeten Workshops werden im November die "Markenzeichen" der brandenburgischen Waldpädagogik herausgearbeitet. Von nun an und bis 2002 findet alljährlich das Waldpädagogik-Praktikum für Forststudenten der TU Dresden statt. Daraus entsteht die "Kaltwassermethode" als waldpädagogisches Hochschul-Ausbildungsmodul.

Im Mai 1998 erscheinen die ersten "Waldboten" in einer Broschüre "Brandenburgische Waldboten - Teil 1". Die im August verabschiedete "Arbeitsanleitung zur Wahrnehmung der Aufgaben des Naturschutzes im Wald durch die Landesforstverwaltung Brandenburg" weist dem Haus Aufgaben einer brandenburgischen „Konsultationsstelle für Naturschutz im Wald“ zu.

Im Januar 1999 wird das Haus des Waldes per Errichtungserlass als Dezernat 4 des Amtes für Forstwirtschaft Königs Wusterhausen strukturiert.

Im Juni 2001 wird anlässlich eines Waldfestes im Waldlehrgarten die „Hirschkäferwelt“ eröffnet.

Seit Beginn des Jahres 2002 vergrößert sich die Fläche des HDW durch die Übernahme von Teilen des Forsthauses Frauensee um 40%. Die Gebäudekapazität steigt um 20%. Im Zuge der brandenburgischen Forstreform wird das Haus des Waldes im Juli dem Amt für Forstwirtschaft Wünsdorf angegliedert. Es bildet hier das Fachteam 4 "Waldpädagogik und Artenschutz".

Seit Jahresbeginn 2003 wirkt das Haus des Waldes maßgeblich an der Vernetzung der Waldpädagogik im deutschen Sprachraum sowie in Europa mit. 

Im Juni 2006 wird das in Kooperation mit dem SDW-Regionalverband Dubrow e.V. errichtete Waldtheater festlich eröffnet.

Ab 2009 nimmt die im Ostteil der Anlage neu errichtete Walderlebniswelt "Pirschweg" ihren Probebetrieb auf.  Hier können vorrangig Schüler der Sekundarstufe I einmal selbst in die Rolle von Jägern schlüpfen. Das Haus des Waldes betreibt eine Waldpädagogik-Plattform im Berlin-Brandenburgischen Bildungsserver.

Seit 2010 entwickelt sich der Waldschulraum in der Infoscheune zum "Fuchsbau" ("Fuchserlebniswelt"), auch eine "Waldstube" wird hier neu eingerichtet. Teile des Waldlehrgartens werden zu einer "Praxis Dr. Wald" (Erleben der gesundheitsfördernden Wirkungen des Waldes) sowie zu einem "Holzplatz"  (Erlebnisparcours „Holz") gestaltet.

Ab 2012 wirkt das Haus des Waldes als Waldschule des Landesbetriebes Forst Brandenburg (Oberförsterei Königs Wusterhausen), weil: im Zuge der aktuellen Forstreform ist das brandenburgische Waldpädagogik-Zentrum seit 01.01.2012 am     Wald-Solar-Heim Eberswalde angesiedelt.